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    1800年5月，托马斯·杰斐逊被提名为总统候选人。同年夏，着手改组威廉与玛丽学院。

    1801年2月，托马斯·杰斐逊当选为美国第三任总统，阿伦·伯尔为副总统。3月，宣誓就任美国总统。12月，向国会提交第一个国会咨文。

    1802年12月，托马斯·杰斐逊向国会提交第二个国会咨文。

    1803年1月，托马斯·杰斐逊就派遣梅里韦瑟·刘易斯和威廉·克拉克组织西部探险一事向国会提出特别说明。5月，美法在巴黎签署《路易斯安那条约》，美国从法国手中购得路易斯安纳。7月，拟就购买路易斯安纳提出宪法修正案。10月，向国会提交第三个国会咨文。随后，《路易斯安那条约》得到参议院批准。

    1804年12月，托马斯·杰斐逊再次当选为美国总统。

    1805年3月4日，托马斯·杰斐逊宣誓就任美国总统。

    1806年11月，托马斯·杰斐逊颁布逮捕前副总统阿伦·伯尔的公告。

    1807年1月，托马斯·杰斐逊再次当选为美国哲学学会zhuxi。3月，签署禁止贩卖奴隶的法案。7月，颁布反对英国战舰的公告。12月，签署《禁运法》。

    创建大学

    1809年，蒙蒂塞洛庄园建成。 同年3月，托马斯·杰斐逊隐退，3月15日回到蒙蒂塞洛。

    1811年1月，托马斯·杰斐逊为美国农业协会起草工作计划。

    1814年，托马斯·杰斐逊把私人藏书7000册作价卖给美国国家图书馆。

    1815年1月，托马斯·杰斐逊提出弗吉尼亚大学纲要。

    1819年1月，弗吉尼亚议会通过创办弗吉尼亚大学决议。3月，托马斯·杰斐逊当选为弗吉尼亚大学校长，他亲自设计了第一批校舍，并派人去欧洲延聘教授，设法筹措经费。

    1824年5月，弗吉尼亚大学建成开学。
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